PC und WWW als Hilfsmittel zur Darstellung von (Molekül)-Strukturen
1. Datenquellen
Die Koordinaten stammen entweder aus Strukturbestimmung mit Beugungsmethoden
(Röntgenstrukturanalysen), aus NMR-Experimenten oder aus
Modelling-Rechnungen. Es gibt auch
einfache Möglichkeiten, sie mit verschiedenen Hilfsmitteln selber zu
erzeugen. Leider werden sie in zig verschiedenen
Datenformaten abgelegt.
1.1. Datenbanken
Je nach Teilgebiet der Chemie gibt es verschiedene Datenbanken, von denen
leider nur die Protein-Datenbank (Brookhaven Protein Data Base) frei
zugänglich ist. Von der Anorganischen Datenbank ist ein 10-Prozent Subset
frei. Alle Datenbanken verwenden
unterschiedliche Datenformate
- PDB
Die Brookhaven Protein-Data-Base ist für jeden frei
zugänglich. Die Daten sind im sog. PDB-Format abgelegt, das von
den den meisten Biochemie-Programmen (z.B. rasmol, molmol) direkt verarbeitet werden kann.
- CSD
Die Cambridge Structural Database
enthält organische und metallorganische Verbindungen. Sie
wird nur auf CD vertrieben, ist also
nicht frei zugänglich. Die Datenbank verwendet ein eigenes Format
mit Connectivity Codes um die Suche nach bestimmten Molekülen
zu beschleunigen. Aus Wunsch können einzelne Datensätze
auch direkt im CCDC angefordert werden.
- ICSD
Die Inorganic Crystal Structural Database
enthält die anorganischen Verbindungen (ohne C-C-Bindungen) und verwendet
ebenfalls ein eigenes Format. Auch diese Datenbank wird in Lizenz
vertrieben, ist also nicht frei zugänglich.
Es gibt aber eine WEB-Seite , wo
zufällig ausgewählte 10 Prozent der Daten
abgerufen werden können. Hier wird auch ein Frontend getestet,
das dem Nutzer direkte Darstellungen der Strukturen ermöglicht.
(Siehe auch unter ...).
1.2 WWW-Seiten
Es gibt tausende von WEB-Seiten, auf denen verschiedene Leute Daten
bereitlegen, die sie für wichtig/interessant halten.
Eine Sammlung von Links gibt es hier .
Falls Sie nicht fündig geworden sind, probieren Sie mal
die freie Suche mit einer der bekannten
WEB-Suchmaschinen .
1.3. Self-Made
Die Koordinaten
vieler einfacher Moleküle/Strukturen kann man sich
auch selbst überlegen.
Z.B. Methan (im XYZ-Format: C: 0,0,0; H1: 1,1,1; H2:-1,-1,1; H3:1,-1,-1;
H4:1,1,-1).
1.4. Moleküzeichenprogramme
ISIS/Draw
ist ein Molekülmalprogramm, das auch PDB-Output erzeugt und
mit einem eingebauten Viewer (rasmol) kommt.
1.5. Modelling-Packete
Zumeist nicht frei verfügbar.
1.6. Wissenschaftliche Zeitschriften
Bei einigen wissenschaftlichen Zeitschriften wird daran gearbeitet,
die eingesendeten Strukturdaten direkt mit dem Artikel verfügbar
zu machen. Dazu wird z.B. von der kristallographischen Zeitschrift
Acta Crystallographica das sog. cif-Format
verwendet. Diese Dinge sind noch in der Erprobung.
Wenn Sie ihr Wunschmolekül/Ihre
Traumstruktur immer noch nicht gefunden haben
können Sie gerne bei
mir anfragen.
Die Datenbanken ICSD und CSD sind im Institut verfügbar.